KT-R&D

Giúp các nhà khoa học giải quyết những vấn đề về công nghệ, thiết bị, thời gian và chi phí. KTest không chỉ sẽ hỗ trợ thực hiện nghiên cứu, chúng tôi còn tư vấn, và chuyển giao công nghệ theo yêu cầu.

CÁC DỊCH VỤ HỖ TRỢ NGHIÊN CỨU

16S/Shotgun Metagenomics

Metagenomics nghiên cứu hệ vi sinh hiện diện trong nhiều môi trường đa dạng, và cả trong cơ thể người. KTest cung cấp 2 loại dịch vụ metagenomics, 16S giúp nghiên cứu thành phần vi sinh với chi phí thấp; shotgun bên cạnh nghiên cứu thành phần, còn cho phép phân tích chức năng và con đường biến dưỡng của hệ vi sinh trong mẫu.

Giải trình tự toàn bộ gene

Nghiên cứu đặc tính của sinh vật thông qua khai thác dữ liệu bộ gene ngày càng có nhiều đóng góp quan trọng. Dịch vụ giải trình tự bộ gene của KTest bao gồm giải trình tự bằng các công nghệ mới và phân tích dữ liệu như lắp ráp de novo, chú giải, so sánh trình tự bộ gene, phân tích MLST, xây dựng cây phát sinh loài và các phân tích khác theo yêu cầu.

Giải trình tự vùng mã hóa 

Ứng dụng này thường dùng trong nghiên cứu bệnh hiếm. Do phần lớn đột biến gây bệnh thuộc vùng mã hoá của gene nên giải trình tự toàn bộ vùng mã hóa (WES – whole exome sequencing), cho phép phát hiện đột biến với chi phí thấp hơn so với giải trình tự toàn bộ gene. WES có thể giúp phát hiện những đột biến gene mới liên quan đến bệnh nghiên cứu.

Giải trình tự gene mục tiêu

Một số bệnh di truyền có mối quan hệ chặt chẽ với một phổ gene xác định. Việc tập trung giải trình tự phổ gene này đặc biệt có ý nghĩa trong nghiên cứu lâm sàng. Chi phí giải thấp và thời gian phân tích nhanh cũng là một ưu điểm của cách tiếp cận này.

 

Giải trình tự DNA tự do (cell-free DNA) trong máu

Được ứng dụng nhiều trong lĩnh vực ung thư, nhằm phát hiện các “chỉ dấu sinh học”, các đoạn DNA kích thước nhỏ do tế bào ung thư phóng thích vào máu. Công nghệ này hữu ích cho nghiên cứu điều trị, theo dõi điều trị và chẩn đoán sớm.

Định danh phân tử các loài sinh vật

  • Định danh các loài sinh vật bằng phương pháp PCR và giải trình tự Sanger.
  • Nghiên cứu tính biến động của vùng gene mục tiêu bằng giải trình tự Sanger.

CÁC HỆ THỐNG GIẢI TRÌNH TỰ TẠI KTEST

MỘT SỐ DỰ ÁN NGHIÊN CỨU TẠI KTEST

nghiên cứu bệnh tim di truyền

Các đột biến gene liên quan đến bệnh cơ tim phì đại ở bệnh nhân Việt Nam 

Tỉ lệ các gene đột biến liên quan đến bệnh cơ tim phì đại trên hơn 100 bệnh nhân người Việt

nghiên cứu GENOMICS VI SINH

Bộ gene hoàn chỉnh của chủng vi khuẩn Helicobacter pylori GD63

sử dụng kết hợp 2 công nghệ giải trình tự thế hệ mới Illumina và Nanopore MinION (ONT)

Cấu trúc bộ gene hoàn chỉnh và plasmid của chủng Helicobacter pylori GD63

nghiên cứu METAGENOMICS

Phân tích thành phần vi sinh trong nước ao nuôi tôm tại Ninh Thuận

sử dụng hệ thống giải trình tự cầm tay (portable) Nanopore MinION (ONT) và phương pháp shotgun metagenomics

Thành phần vi sinh trong một mẫu nước ao nuôi tôm tại tỉnh Ninh Thuận

Định danh phân tử 

Xây dựng quy trình định danh phân tử một số loài lan

Một số loài lan KTest đã định danh

Đề tài nghiên cứu

“Xây dựng mô hình tầm soát người mang mở rộng ở phụ nữ Việt Nam bằng kỹ thuật giải trình tự thế hệ mới”, Sở KHCN TP.HCM tài trợ (2020-2022), hợp tác với ĐH Y Dược TP.HCM và Khoa Y, ĐHQG TP.HCM.

Xác định các biến thể trên các gene liên quan đến bệnh cơ tim giãn nở ở bệnh nhân Việt Nam bằng kỹ thuật giải trình tự DNA thế hệ mới”, Sở KHCN TP.HCM tài trợ (2018-2020), hợp tác với Viện Tim TP.HCM, BV Tim Tâm Đức và Khoa Y, ĐHQG TP.HCM.

Nghiên cứu cơ chế gây bất ổn định bộ gene tế bào chủ dẫn đến ung thư dạ dày của vi khuẩn Helicobacter pylori phân lập tại Việt Nam“, tổ chức NAFOSTED tài trợ (2019-2021), hợp tác với BM Di truyền, Trường ĐH KHTN TP.HCM. 

Nghiên cứu ứng dụng giải trình tự gene để phát hiện các đột biến kháng thuốc kháng sinh của vi khuẩn H. pylori”, hợp tác với CS2, BV ĐHYD TP.HCM (2020-2022).

Giá trị chẩn đoán của qui trình real-time PCR cải tiến phát hiện nhanh Streptococcus nhóm B ở thai phụ đủ tháng tại cơ sở 2, bệnh viện Đại học Y dược TP. Hồ Chí Minh”, hợp tác với CS2, BV ĐHYD TP.HCM (2020-2022).

Nghiên cứu thành phần vi sinh trong đất canh tác bằng kỹ thuật metagenomics”, hợp tác với ĐH Cần Thơ (2020).

Xác định các biến thể trên các gene liên quan đến bệnh cơ tim phì đại bằng kỹ thuật NGS”, hợp tác với BV Tim Tâm Đức (2015-2017).

Công bố quốc tế

Minh Thu Tran Vu, Thuy Vy Nguyen, Nha Van Huynh, Hoang Tam Nguyen Thai, Vinh Pham Nguyen Thuy Duong Ho Huynh. 2019. Presence of Hypertrophic cardiomyopathy related gene mutations and clinical manifestations in Vietnamese patients with hypertrophic cardiomyopathy. Circulation Journal 83:1908-1916.

Le Thuy Thi Nguyen, Khanh Ngau Thi Nguyen, Phuc Nhi Thi Anh Le, Fabio Cafini, Ben Pascoe, Samuel K. Sheppard, Thanh Bao Nguyen, Thien Phuc Nguyen Hoang, Thuy Vy Nguyen, Tram T.K. Pham, Kazuya Morikawa, Dang Quan Nguyen, Hoa Xo Duong. 2020. The emergence of plasmid-borne cfr-mediated linezolid resistant-staphylococci in Vietnam. Journal of Global Antimicrobial Resistance (in press).

Thien-Phuc Nguyen-Hoang, Trang Nguyen Hoa, Tan-Huy Nguyen, Stephen Baker, Motiur Rahman, Thuy-Vy Nguyen. 2019. Complete Genome Sequence of Helicobacter pylori Strain GD63, Isolated from a Vietnamese Patient with a Gastric Ulcer. Microbiology Resource Announcements 

Lan Anh Le, Thien Phuc Nguyen Hoang, Van Phuc Pham, Tan Huy Nguyen, Thuy Vy Nguyen, Thuy Duong Ho Huynh. 2020. Microbiome dataset analysis from a shrimp pond in Ninh Thuan, Vietnam using shotgun metagenomics. Data in Brief 31 105731.

Minh Thu Tran Vu, Thuy Vy Nguyen, Bao Nam Tran Huynh, Lan Anh Le, Ngoc Thieu Pham Nguyen, Vinh Pham Nguyen, Thuy Duong Ho Huynh. 2020. A novel TSC2 gene mutation identified in a patient with tuberous sclerosis. (in submission to Clinical Case Reports)